国家开放大学内部的运行机制主要有5种。

（一）理事会和校务委员会咨询决策机制

国家开放大学设立以参与国家开放大学办学组织体系建设各方代表、教育部代表和其他社会代表等为成员的理事会，主要就学校事业发展规划、教育教学基本制度、重大改革发展事项等进行研究审议、决策咨询和检查监督。

国家开放大学设立以学校校长、分部校长等为成员的校务委员会，作为学校办学和管理的执行机构，负责组织开展各项具体工作，包括制定改革发展规划、年度工作计划、经费预算决算，以及教学改革、质量保证、教育信息化、科学研究、国际合作等工作。

国家开放大学设立学术、学位、质量等专门委员会，推进学术自治和质量管理。

（二）统一办学和分级管理机制

为保证办学水平、质量、声誉、品牌，不断做强做大学校事业，国家开放大学实行统一办学，办学发展目标、教育教学基本制度、人才培养标准与模式以及学科专业、课程结构、教学内容和考试方式等，实施“统一品牌、统一标准、统一平台、统一管理、统一评价”，实现教学、管理、服务等业务工作的一体化运作。内部管理按照总部、分部、学院、学习中心的职责和任务，实行分级管理体制。要加强总部和分部的统筹管理作用，总部统筹全国，分部统筹区域。

（三）错位发展和资源共享机制

国家开放大学办学组织体系是由不同性质、特点的高等学校、行业企业和相关社会机构合作共建组成的，实行错位发展和资源共享的有效机制。分部和行（企）业学院、专门学院、实验学院可根据“错位发展”原则和相关建设标准，开设有特色的本专科专业。相关课程主讲、教材主编、课程主持教师可以从总部、分部教师或高校、行业企业具有相关资质的专家学者中聘请。整合体系教师资源，组建教学团队，加强教学支持服务。实现数字图书馆和学习资源共建共享。

（四）成本分担和利益分享机制

国家开放大学办学组织体系各单位要根据学校相关政策和在办学过程中的任务分工，投入相应的人力、物力和财力，保证办学基本条件。学历教育按课程学分收取学生费用，并根据共同协商的比例划分使用。非学历教育以项目协议方式明确具体经费投入与分配办法。

（五）自愿加入和依规退出机制

国家开放大学办学组织体系探索实行“自愿加入、依规退出”机制。广播电视大学、开放大学和其他高等学校，以及相关行业企业、社会机构，可根据国家开放大学相关政策规定，在自愿平等基础上参与相关分部、学院和学习中心的共建共治工作。合作办学过程中，有意退出者，可依据相关规定申请退出；对未能有效履行合作共建职责的，国家开放大学可要求其退出。